Zukunftsweisende Software zur multiplen Genomanalyse in der Biomedizin aus Österreich und Spanien

Oscar Torreno Tirado präsentiert Ergebnisse aus dem Projekt MrSymBiomath; © Alessia Peviani

14.09.2016

Von 3. Bis 7. September 2016 fand die 15. European Conference on Computational Biology in Den Haag, Niederlande statt. Die Projektmitglieder des EU-Projekts Mr.SymBioMath nutzten dieses hochkarätige Konferenz um ihre Forschungs- und Projektergebnisse in der Forschungscommunity zu präsentieren. Ein halbtägiges Tutorial, welches als offizielles Pre-Meeting der Konferenz abgehalten wurde, ermöglichte den interessierten Teilnehmern die neu entwickelten Verfahren selbst auszuprobieren. Oscar Torreno Tirado und Michael Krieger der RISC Software GmbH aus dem Softwarepark Hagenberg präsentierten Teilnehmern aus 14 verschiedenen Ländern unter dem Titel "Scientific Workflows under Galaxy. Use Case: multiple genome comparison" den Umgang mit der im Projekt entwickelten Software zum Genomvergleich.

Weitere Ergebnisse des Projekts Mr.SymBioMath wurden in der Postersession mit dem Plakat "High resolution refinement of Large Scale Genomic Rearrangements using repetitions: A case study" von Jose Arjona-Medina, Guillermo Thode und Oswaldo Trelles präsentiert.

Cloud Computing für Genomanalyse

Im Rahmen des EU-geförderten Forschungsprojekts Mr.SymBioMath wird an der Optimierung und Leistungssteigerung von Berechnung aus dem Beriech der Biomedizin und Bioinformatik geforscht. Anwendungsbereiche sind hierbei beispielsweise die Erforschung von allergischen Reaktionen auf Medikamente sowie die Erstellung von evolutionären Stammbäumen unterschiedlicher Tierarten basierend auf genetischer Information.

Computer als Grundlage für Forschung und Entwicklung lösen heute Aufgaben mit einer Geschwindigkeit und Effizienz, die vor einigen Jahren nicht durchführbar und vor Jahrzehnten gar unvorstellbar waren. Jeden Tag werden heute riesige Datenmengen auf Desktoprechnern, Laptops, Tablets, Smartphones und selbstverständlich auch auf so genannten Supercomputern verarbeitet. Letztere ermöglichen u.a. auch die Simulation von Wetterereignissen durch die Lösung von komplexen Gleichungssystemen, helfen bei der Lösung schwieriger Probleme der Quantenphysik oder ermöglichen die Entschlüsselung der Genome von Organismen.

Insbesondere die Genetik ist ein Forschungsbereich, der eine große Fülle an Daten benötigt und auch viele Daten produziert. So benötigt zum Beispiel das sequenzierte Genom eines einzigen Menschen ca. 3 Gigabyte (3.000 Megabyte) an Speicherplatz. Auf Grund dieser Datenmengen und der Notwendigkeit diese Daten möglichst rasch zu verarbeiten, haben Experten begonnen sich mit Lösungsansätzen zur Analyse und Verwaltung von großen Datenmengen, so genannten Big Data, zu beschäftigen.

Projektinfo Mr.SymBioMath (www.mrsymbiomath.eu)

Das Projekt "High Performance, Cloud and Symbolic Computing in Big-Data Problems applied to Mathematical Modeling of Comparative Genomics" (Mr.SymBioMath) wird von Februar 2013 bis Januar 2017 im Rahmen des 7. EU-Rahmenprogramms für Forschung, Technologie und Demonstrationen als Industrie-Academia Partnerships and Pathways (IAPP) Projekt im Rahmen der Finanzhilfevereinbarung Nr 324.554 gefördert.

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